Remodelamento do viroma intestinal após transplante de microbiota fecal se associa à covariação vírus-bactéria e à resposta metabólica em obesidade e diabetes tipo 2

O que o estudo mostrou

As mudanças no viroma pós-FMT tiveram acurácia comparável às mudanças no bacterioma para distinguir respondedores e não respondedores de LDL (84,8% vs 81,4%). O engraftment de contigs virais do doador foi detectado em 64,7% (11/17) dos receptores de FMT isolado e 58,8% (10/17) dos receptores de FMT com LSI, contra 5,6% (1/18) no grupo sham com LSI. O FMT associou-se a aumento da diversidade do viroma, deslocamento composicional em direção ao viroma do doador e associações coordenadas vírus-bactéria, com a maioria dos contigs virais responsivos classificados como Caudoviricetes. Contigs compartilhados entre os dois grupos de FMT foram preditos infectar Roseburia e Bifidobacterium, enquanto contigs associados a resposta clínica foram preditos infectar Escherichia, Roseburia, Blautia e Enterococcus.

Método

Sequenciamento metagenômico enriquecido em partículas semelhantes a vírus (VLP) combinado com sequenciamento metagenômico de DNA total em amostras fecais seriadas. Classificação por random forest para distinguir respondedores de LDL de não respondedores e análise de engraftment de contigs virais derivados do doador e de associações vírus-bactéria.

Limitações

Tamanho amostral reduzido por braço, natureza exploratória e associativa, predições de hospedeiro viral feitas por bioinformática e não confirmadas experimentalmente, risco de sobreajuste em modelos de random forest, possível influência de variáveis de confusão e ausência de validação externa. A generalização para outras populações e desfechos clínicos duros é incerta.